Undersøgelsen består af fem dele:

1. For det første består undersøgelsen af en kortlægning af funktionspræsterne, hvor man har set på, hvor mange funktionspræster, der er ansat, og hvilke ansættelsesformer de har. Denne del af undersøgelsen foretages på grundlag af materialer fra Fællesfonden, præsteforeningen, materiale fra stifterne og andet materiale.
2. For det andet har man gennemført en kvantitativ undersøgelse af de opgaver og vilkår, som præsterne har. Til denne del af undersøgelsen er anvendt spørgeskemaer, som er udsendt pr. mail.
3. For det tredje suppleres spørgeskemaundersøgelsen af en mindre kvalitativ interviewundersøgelse blandt et udvalg af præsterne. Forskellige typer af funktionspræster er her blevet interviewet, herunder hospitalspræster, som er den største gruppe af funktionspræsterne. Formålet med denne delundersøgelse er at supplere og uddybe information fra den kvantitative undersøgelse, særligt i forhold til de funktioner præsterne udfører og relationen til institutionen.
4. For det fjerde har man gennemført en mindre kvalitativ interviewundersøgelse blandt repræsentanter for de institutioner, som funktionspræsterne arbejder på. Det gælder repræsentanter fra sygehuse, fængsler, arresthuse mm. Formålet med interviewene med repræsentanterne har været eventuelt at afdække andre dimensioner af funktionspræsternes arbejdsforhold, som præsterne ikke selv har fokuseret på. Herudover kan repræsentanterne være med til at validere oplysninger om præsternes arbejdsvilkår og funktion, som er fundet gennem den kvantitative undersøgelse.  
5. For det femte udføres et mindre kvalitativt interviewstudium blandt ’brugere’ af funktionspræsten i udvalgte institutioner. Hensigten med at interviewe brugere er at blive klogere på, hvilke erfaringer de har gjort sig i forhold til institutionspræstens funktion.