Projektet "Moskeer i Danmark II" er en opdatering af en tidligere undersøgelse, og projektets formål er fortsat at undersøge hvordan islam bliver praktiseret i Danmark. Dog vil man i den nye kortlægning fokusere mere på de kvinder, der kommer i moskeerne, moskeernes ungdomsafdelinger, samt opdelingerne i forhold til sprog og etnicitet. Det skyldes, at der netop inden for disse områder forventes at være sket en udvikling siden den første kortlægning. Derudover vil man have fokus på de organisatoriske og økonomiske aspekter ved moskemiljøet i Danmark.  

"Moskeer i Danmark II" er en opfølgning på projektet Moskeer i Danmark (2002-2006), der var en del af en større kortlægning af religiøs diversitet i Danmark.

Lene Kühle stod ligeledes i spidsen for det daværende projekt, hvis formål var at undersøge, hvordan islam blev praktiseret i Danmark. Fokus var at tilvejebringe viden om moskeerne i Danmark med hensyn til antallet af moskeer, deres organisering og praksis, samt deres medlemmer. Projektet resulterede i en kortlægning af alle moskeer i Danmark, der blev udgivet som bog af Lene Kühle i 2006: Moskeer i Danmark - islam og muslimske bedesteder. 

Moskeer i Danmark II er bestilt og delvist financieret af Kirkeministeriet (artikel).
Begge projekter er forskningsprojekter ved Center for Samtidsreligion, Institut for Kultur og Samfund, Aarhus Universitet.