Værnspræsten er som en del af hans rådighedstjeneste tilknyttet Forsvaret. Der er således i Danmark ikke ansat fuldtidsværnspræster. I stedet står et antal præster (ca. 83 i alt) til rådighed for tjeneste, når Forsvaret for eksempel bidrager til bekæmpelsen af ISIL i Irak.
Værnspræstens primære arbejdsopgaver indebærer en formel del, herunder afholdelse af gudstjenester som eksempel på varetagelse af den almindelige kirkelige betjening. En mere speciel opgave er deltagelse i ramp ceremonies, hvor den faldne soldat hjemsendes fra basen eller modtages i lufthavnen i Danmark. Hertil kommer en mere uformel del bestående af samtaler både med og uden karakter af sjælesorg. Særligt for danske værnspræster er, at de står uden for det militære rangsystem, hvorfor de kan agere frit og til enhver tid jævnbyrdigt med den person, de taler med. Herudover har værnspræsten til opgave at tilbyde den militære ledelse rådgivning vedrørende gejstlige, kulturelle og etiske problemstillinger. Det sidstnævnte fordrer dermed, at værnspræsten opbygger viden om lokale og regionale forhold for missionsområdet.
Særlige kendetegn for værnspræsterne er deres forskellighed på tværs af de tre værn. Flyverpræstens arbejde foregår ved basen, hvorfra piloterne flyver. Heroverfor er feltpræsten udstationeret i felten, således at arbejdet foregår på baser, hvor angreb forekommer. Hertil kommer eventuel deltagelse i patruljer. Særligt for orlogspræsten er forholdene på skibet, idet mandskabet på grund af den begrænsede plads lever og arbejder tæt sammen. Det siger sig selv, at arbejdsforholdene er ganske forskellige i de tre værn. For de værnspræster, som har eller har haft andre funktionspræstestillinger, drejer det sig gerne om stillinger som beredskabs- eller arresthuspræst.
En dagligdag som værnspræst afhænger af, om han er indkaldt eller ej. Dagligdagen i Danmark består af enkelte indkommanderingsdage, hvor værnspræsten holder sin træning og kontakt til enheden ved lige. Er værnspræsten udsendt, er vilkårene ganske anderledes. I undersøgelsen udtrykker værnspræsterne, at de i stor grad selv bestemmer deres arbejdsopgaver, hvilket også er med til at skabe en høj grad af trivsel.
